Mapa současného výskytu (zdroj Záchranný program perlorodky říční Margaritifera Margaritifera v České republice (AOPK ČR, 2013))
V České republice je její aktuální výskyt znám z povodí Vltavy. Jedná se o horní tok Vltavy, Blanice, Malše a jejich četné přítoky. Nejpočetnější středoevropská populace se doposud zachovala v jihočeské Blanici, kde žije kolem 10 000 jedinců. V západních Čechách v přítocích řeky Saale, které tvoří státní hranici mezi Českou republikou, Bavorskem a Saskem, se zachovaly další fragmenty populace perlorodky říční. Ostatní lokality už bohužel zanikly a na těch posledních bylo dohromady inventarizováno kolem 17 tisíc jedinců.
Perlorodka obývá nejzachovalejší toky s čistou vodou u nás. Podmínkou je nízký obsah živin bez rozpuštěného anorganického vápníku (z horninového podloží a povrchových smyvů) a přítomnost organického vápníku, který se nachází v opadu z rostlinného materiálu. Tyto splněné charakteristiky se ve vodotečích na našem území téměř nenachází. Vodní toky jsou znečištěné z důvodu intenzivního hospodaření v krajině, zatížení prostředí chemickými látkami, také díky erozi vnášející do vodního prostředí obrovské objemy splavenin a znečištění z lidských sídel. Perlorodky přežívají i díky své dlouhověkosti, ale vymírají.