Perlorodka říční žije v Evropě a Asii. V Evropě se její areál rozprostírá od severního Španělska přes západní Pyreneje, Bretaň, Normandii, Ardeny, Britské ostrovy a střední Evropu až do severní Evropy, kde je ve Skandinávii a severním Rusku těžiště jejího evropského rozšíření.
V České republice je hlavním centrem výskytu povodí Vltavy. Jedná se o horní tok Vltavy, Blanice, Malše a jejich četné přítoky. Nejpočetnější populace se doposud zachovala v jihočeské Blanici, kde žije kolem 10 000 jedinců. V západních Čechách se zachovaly další fragmenty populace perlorodky říční v přítocích řeky Saale, které tvoří státní hranici mezi Českou republikou, Bavorskem a Saskem. Ostatní lokality už bohužel zanikly a na těch posledních bylo dohromady inventarizováno kolem 17 000 jedinců.
Rozšíření perlorodky říční v ČR a přibližná početnost jednotlivých populací v mapovacích čtvercích dle dat dostupných v roce 2006
(zdroj: archiv AOPK ČR)
legenda: bílá: 1-100 jedinců, světle šedá: 100-1 500, středně šedá: 1 500-15 000, černá: více jak 15 000 jedinců